Trường được xây dựng trên khu đất có diện tích 67.400m2 với ba khối nhà chính và các công trình khác. Trong đó, khối giảng đường, học tập và đào tạo được xây dựng mới quy mô 10 tầng (1 trệt + 9 lầu) với tổng diện tích sàn xây dựng hơn 77.000m2.
Khối hành chính, thư viện và nhà thể thao gồm 10 tầng với tổng diện tích sàn xây dựng hơn 28.000m2. Trong khi đó, khối nhà để xe được xây dựng quy mô 8 tầng với tổng diện tích sàn xây dựng hơn 22.000m2.
Dự án có tổng mức đầu tư hơn 2.400 tỉ đồng từ ngân sách thành phố. Dự kiến năm 2025, cơ sở 2 Trường đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch sẽ được đưa vào sử dụng.
